MPSD Publications

Publications of K. Ayyer

Journal Article (16)

2024
Journal Article
New aerodynamic lens injector for single particle diffractive imaging
N. Roth, D. A. Horke, J. Lübke, A. K. Samanta, A. D. Estillore, L. Worbs, N. Pohlman, K. Ayyer, A. Morgan, H. Fleckenstein, M. Domaracky, B. Erk, C. Passow, J. Correa, O. Yefanov, A. Barty, S. Bajt, R. A. Kirian, H. N. Chapman, J. Küpper
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment 1058, 168820 (2024)
2023
Journal Article
Form factor determination of biological molecules with X-ray free electron laser small-angle scattering (XFEL-SAS)
C. E. Blanchet, A. Round, H. D. T. Mertens, K. Ayyer, M. Graewert, S. Awel, D. Franke, K. Dörner, S. Bajt, R. Bean, T. F. Custódio, R. de Wijn, E. Juncheng, A. Henkel, A. Gruzinov, C. M. Jeffries, Y. Kim, H. Kirkwood, M. Kloos, J. Knoška, J. Koliyadu, R. Letrun, C. Löw, J. Makroczyova, A. Mall, R. Meijers, G. E. P. Murillo, D. Oberthür, E. Round, C. Seuring, M. Sikorski, P. Vagovic, J. Valerio, T. Wollweber, Y. Zhuang, J. Schulz, H. Haas, H. N. Chapman, A. P. Mancuso, D. Svergun
Communications Biology 6, 1057 (2023)
Journal Article
Ab initio spatial phase retrieval via intensity triple correlations
N. Peard, K. Ayyer, H. N. Chapman
Optics Express 31 (15), 25082–25092 (2023)
Journal Article
Time-Resolved Single-Particle X-ray Scattering Reveals Electron-Density Gradients As Coherent Plasmonic-Nanoparticle-Oscillation Source
D. Hoeing, R. Salzwedel, L. Worbs, Y. Zhuang, A. K. Samanta, J. Lübke, A. Estillore, K. Dlugolecki, C. Passow, B. Erk, N. Ekanayaje, D. Ramm, J. Correa, C. C. Papadooulou, A. T. Noor, F. Schulz, M. Selig, A. Knorr, K. Ayyer, J. Küpper, H. Lange
Nano Letters 23 (13), 5943–5950 (2023)
Journal Article
Inter-Bragg crystallographic phase retrieval from shape transforms, stacking faults and substitutional disorder
J. P. J. Chen, K. Pande, J. J. Donatelli, A. V. Martin, K. Ayyer, H. N. Chapman, R. Bean, K. E. Schmidt, R. A. Kirian
Ultramicroscopy 249, 113728 (2023)
Journal Article
Holographic Single-Particle Imaging for Weakly Scattering, Heterogeneous Nanoscale Objects
Physical Review Applied 19 (5), 054027 (2023)
Journal Article
Imaging via Correlation of X-Ray Fluorescence Photons
F. Trost, K. Ayyer, M. Prasciolu, H. Fleckenstein, M. Barthelmess, O. Yefanov, J. L. Dresselhaus, C. Li, S. Bajt, J. Carnis, T. Wollweber, A. Mall, Z. Shen, Y. Zhuang, S. Richter, S. Karl, S. Cardoch, K. K. Patra, J. Möller, A. Zozulya, R. Shayduk, W. Lu, F. Brauße, B. Friedrich, U. Boesenberg, I. Petrov, S. Tomin, M. Guetg, A. Madsen, N. Timneanu, C. Caleman, R. Röhlsberger, J. von Zanthier, H. N. Chapman
Physical Review Letters 130 (17), 173201 (2023)
Journal Article
Speckle contrast of interfering fluorescence X-rays
F. Trost, K. Ayyer, D. Oberthuer, O. Yefanov, S. Bajt, C. Caleman, A. Weimer, A. Feld, H. Weller, S. Boutet, J. Koglin, N. Timneanu, J. von Zanthier, R. Röhlsberger, H. N. Chapman
Journal of Synchrotron Radiation 30 (1), 11–23 (2023)
2022
Journal Article
Unsupervised learning approaches to characterizing heterogeneous samples using X-ray single-particle imaging
Y. Zhuang, S. Awel, A. Barty, R. Bean, J. Bielecki, M. Bergemann, B. J. Daurer, T. Ekeberg, A. D. Estillore, H. Fangohr, K. Giewekemeyer, M. S. Hunter, M. Karnevskiy, R. A. Kirian, H. Kirkwood, Y. Kim, J. Koliyadu, H. Lange, R. Letrun, J. Lübke, A. Mall, T. Michelat, A. J. Morgan, N. Roth, A. K. Samanta, T. Sato, Z. Shen, M. Sikorski, F. Schulz, J. C. H. Spence, P. Vagovic, T. Wollweber, L. Worbs, P. L. Xavier, O. Yefanov, F. R. N. C. Maia, D. A. Horke, J. Küpper, N. D. Loh, A. P. Mancuso, H. N. Chapman, K. Ayyer
IUCrJ 9 (2), 1–11 (2022)
2021
Journal Article
An encryption-decryption framework for validating single-particle imaging
Z. Shen, C. Z. W. Teo, K. Ayyer, N. D. Loh
Scientific Reports 11, 971 (2021)
Journal Article
3D diffractive imaging of nanoparticle ensembles using an x-ray laser
K. Ayyer, P. L. Xavier, J. Bielecki, Z. Shen, B. J. Daurer, A. K. Samanta, S. Awel, R. Bean, A. Barty, T. Ekeberg, A. D. Estillore, H. Fangohr, K. Giewekemeyer, M. S. Hunter, M. Karnevskiy, R. A. Kirian, H. Kirkwood, Y. Kim, J. Koliyadu, H. Lange, R. Letrun, J. Lübke, T. Michelat, A. J. Morgan, N. Roth, T. Sato, M. Sikorski, F. Schulz, J. C. H. Spence, P. Vagovic, T. Wollweber, L. Worbs, O. Yefanov, Y. Zhuang, F. R. N. C. Maia, D. A. Horke, J. Küpper, N. D. Loh, A. P. Mancuso, H. N. Chapman
Optica 8 (1), 15–23 (2021)
2020
Journal Article
Diffraction data from aerosolized Coliphage PR772 virus particles imaged with the Linac Coherent Light Source
H. Li, R. Nazari, B. Abbey, R. Alvarez, A. Aquila, K. Ayyer, A. Barty, P. Berntsen, J. Bielecki, A. Pietrini, M. Bucher, G. Carini, H. N. Chapman, A. Contreras, B. J. Daurer, H. DeMirci, L. Flűckiger, M. Frank, J. Hajdu, M. F. Hantke, B. G. Hogue, A. Hosseinizadeh, M. S. Hunter, H. O. Jönsson, R. A. Kirian, R. P. Kurta, D. Loh, F. R. N. C. Maia, A. P. Mancuso, A. J. Morgan, M. McFadden, K. Muehlig, A. Munke, H. K. N. Reddy, C. Nettelblad, A. Ourmazd, M. Rose, P. Schwander, M. Marvin Seibert, J. A. Sellberg, R. G. Sierra, Z. Sun, M. Svenda, I. A. Vartanyants, P. Walter, D. Westphal, G. Williams, P. L. Xavier, C. H. Yoon, S. Zaare
Scientific Data 7, 404 (2020)
Journal Article
Photon statistics and signal to noise ratio for incoherent diffraction imaging
F. Trost, K. Ayyer, H. N. Chapman
New Journal of Physics 22 (8), 083070 (2020)
Journal Article
Megahertz single-particle imaging at the European XFEL
E. Sobolev, S. Zolotarev, K. Giewekemeyer, J. Bielecki, K. Okamoto, H. K. N. Reddy, J. Andreasson, K. Ayyer, I. Barak, S. Bari, A. Barty, R. Bean, S. Bobkov, H. N. Chapman, G. Chojnowski, B. J. Daurer, K. Dörner, T. Ekeberg, L. Flückiger, O. Galzitskaya, L. Gelisio, S. Hauf, B. G. Hogue, D. A. Horke, A. Hosseinizadeh, V. Ilyin, C. Jung, C. Kim, Y. Kim, R. A. Kirian, H. Kirkwood, O. Kulyk, J. Küpper, R. Letrun, N. D. Loh, K. Lorenzen, M. Messerschmidt, K. Mühlig, A. Ourmazd, N. Raab, A. V. Rode, M. Rose, A. Round, T. Sato, R. Schubert, P. Schwander, J. A. Sellberg, M. Sikorski, A. Silenzi, C. Song, J. C. H. Spence, S. Stern, J. Sztuk-Dambietz, A. Teslyuk, N. Timneanu, M. Trebbin, C. Uetrecht, B. Weinhausen, G. J. Williams, P. L. Xavier, C. Xu, I. A. Vartanyants, V. S. Lamzin, A. Mancuso, F. R. N. C. Maia
Communications Physics 3 (1), 97 (2020)
Journal Article
Reference-enhanced x-ray single-particle imaging
Optica 7 (6), 593–601 (2020)
2019
Journal Article
Low-signal limit of X-ray single particle diffractive imaging
K. Ayyer, A. J. Morgan, A. Aquila, H. DeMirci, B. G. Hogue, R. A. Kirian, L. X. Paulraj, C. H. Yoon, H. N. Chapman, A. Barty
Optics Express 27 (26), 37816–37833 (2019)

Conference Paper (1)

2021
Conference Paper
Femtosecond Single-Particle Diffractive Imaging of 3D DNA-Origami Molecular Scaffolds with XFEL Pulses
P. L. Xavier, K. Ayyer, O. Yefanov, L. Gelisio, J. Bielecki, A. K. Samanta, S. Bajt, R. Sha, D. A. Bushnell, R. D. Kornberg, Y. Ovcharenko, J. Kuepper, M. Meyer, N. C. Seeman, H. N. Chapman
Biophysical Journal, vol. 120. 3 Supplement 1, Cambridge, Mass.: Cell Press; 2021, p. 265a

Preprint (3)

2022
Preprint
On the use of multilayer Laue lenses with X-ray Free Electron Lasers
M. Prasciolu, K. T. Murray, N. Ivanov, H. Fleckenstein, M. Domaracký, L. Gelisio, F. Trost, K. Ayyer, D. Krebs, S. Aplin, S. Awel, U. Boesenberg, A. Barty, A. D. Estillore, M. Fuchs, Y. Gevorkov, J. Hallmann, C. Kim, J. Knoška, J. Küpper, C. Li, W. Lu, V. Mariani, A. J. Morgan, J. Möller, A. Madsen, D. Oberthür, G. E. P. Murillo, D. A. Reis, M. Scholz, B. Šarler, P. Villanueva-Perez, O. Yefanov, K. A. Zielinski, A. Zozulya, H. N. Chapman, S. Bajt
(2022)
Preprint
Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
T. Ekeberg, D. Assalauova, J. Bielecki, R. Boll, B. J. Daurer, L. A. Eichacker, L. E. Franken, D. E. Galli, L. Gelisio, L. Gumprecht, L. H. Gunn, J. Hajdu, R. Hartmann, D. Hasse, A. Ignatenko, J. Koliyadu, O. Kulyk, R. Kurta, M. Kuster, W. Lugmayr, J. Lübke, A. P. Mancuso, T. Mazza, C. Nettelblad, Y. Ovcharenko, D. E. Rivas, M. Rose, A. K. Samanta, P. Schmidt, E. Sobolev, N. Timneanu, S. Usenko, D. Westphal, T. Wollweber, L. Worbs, P. L. Xavier, H. Yousef, K. Ayyer, H. N. Chapman, J. A. Sellberg, C. Seuring, I. A. Vartanyants, J. Küpper, M. Meyer, F. R. N. C. Maia
(2022)
2021
Preprint
Understanding conformational dynamics from macromolecular crystal diffuse scattering
(2021)
Go to Editor View